注冊日本公司后應繳納三種稅種：

法人稅（利得稅）：注冊資本在5000萬日元以下，稅率為18%-24%；5000萬日元以上，稅率為24%-35%。

消費稅（增值稅）：消費稅稅率為5%，在公司注冊的第一年和第二年可以根據(jù)條件申請減免消費稅。

地方稅（事業(yè)稅和住民稅）：地方稅可以分為事業(yè)稅和住民稅，以公司利得稅的1.2%-4%來計算繳納。

在日本注冊公司申報稅務時間，為每會計年度結束后的2個月之內公司在計算出需要繳納額度后，需提交稅務申報，及時交稅。

日本公司維護建議

1.開設銀行賬戶

2.稅理士代帳

稅理士是指日本專門負責代人理賬的專業(yè)稅務人員。

3.申領稅號

注冊日本公司后的維護簡單，而且可以由稅理士代賬，管理十分方便省心，且日本的稅種主要有三種，不會復雜難懂，很受投資人、企業(yè)家們的青睞。