檢查結果表明，被查的農信社和城商行通過完善法人治理結構，健全了內部控制制度、信貸管理和風險控制制度等，財務管理逐步規范，但內控制度執行不力比較普遍，會計核算不實的問題仍較突出，其管理水平與國有商業銀行相比還存在較大的差距。

一是收支核算不實、人為調節利潤等問題較為嚴重，尤其是農村信用合作社普遍未按規定計提呆賬準備和各項資產減值準備，二是財務管理薄弱，被查農村信用合作社普遍未按規定執行《金融企業財務規則》（財政部令第42號）；個別金融機構私設“小金庫”。三是部分城市商業銀行虛假處置或剝離不良資產，資產不實。四是薪酬管理和核算違反規定。四是信貸管理薄弱，各行不同程度的存在違規放貸、貸后監管不力、違規簽發無真實貿易背景的承兌匯票和辦理貼現等問題。

被查的保險公司財務管理較為規范，但以沒有真實經濟業務背景的票據報銷費用問題較為突出。

對檢查發現的問題，財政部已依法下發處理決定，責成被查單位調賬補稅、加強管理、追究相關人員責任等。

據介紹，截至2010年5月底，大部分問題已整改到位，已有182名責任人被依法追究了相應的責任，其中開除免職2人。但仍有個別被查單位經多次督促未執行處理決定，其中，呼和浩特市商業銀行股份有限公司2008年高管薪酬超規定問題至今未進行整改。